Następnym krokiem po wysyłce zgłoszenia do jednostki certyfikującej jest podpisanie umowy, przesłanie opisu gospodarstwa oraz planu produkcji i, co najważniejsze – kontrola sadu przez inspektora jednostki certyfikującej.
Oceniany jest sposób prowadzenia sadu, stan gleby i pokrycie jej roślinnością, sprawdza się stosowanie nawozów i środków ochrony roślin, odmiany i wiek drzew, szacuje się zbiór owoców. Jeśli przez ostatnie trzy lata sad był prowadzony ekstensywnie i nie stosowano nawozów oraz środków ochrony roślin niedopuszczonych w rolnictwie ekologicznym, producent ma szansę uzyskać certyfikat na ekologiczne owoce jeszcze w tym samym roku. W tym celu należy jednak wypełnić „Wniosek o uznanie z mocą wsteczną uprzedniego okresu, jako części okresu konwersji”, który najpierw trzeba przesłać do jednostki certyfikującej z prośbą o zaopiniowanie, a następnie złożyć go do właściwego Wojewódzkiego Inspektoratu Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych.
Do wniosku warto dołączyć dodatkowe dowody, np. oświadczenie strony trzeciej, że w sadzie nie były stosowane nawozy i środki ochrony roślin niedopuszczone w rolnictwie ekologicznym. Takie informacje może potwierdzić np. sołtys, instytut badawczy, który prowadził w sadzie badania naukowe, lub lokalny doradca rolny. Urząd może zwrócić się do producenta o uzupełnienie dokumentów, po czym ma 30 dni na rozpatrzenie wniosku i wydanie decyzji. Po otrzymaniu pozytywnej decyzji Wojewódzkiego Inspektora Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych jednostka certyfikująca może wydać decyzję o przyznaniu certyfikatu i certyfikat potwierdzający zgodność prowadzonej produkcji z rozporządzeniem w sprawie produkcji ekologicznej. Po otrzymaniu takiego dokumentu można już szukać odbiorców na owoce ekologiczne i znakować je z odniesieniem do produkcji ekologicznej, zarówno na etykietach opakowań, jak i na fakturach oraz dokumentach towarzyszących.
Od dnia zgłoszenia się do systemu certyfikacji w rolnictwie ekologicznym trzeba prowadzić dokumentację zabiegów uprawowych, zakupionych środków do produkcji, stosowanych środków ochrony roślin oraz nawozów, jeśli ich stosowanie w starych sadach jest konieczne, oraz udokumentować potrzebę ich zastosowania. Należy również prowadzić rejestry zbioru i sprzedaży owoców, by zagwarantować, że prowadzona produkcja i sprzedaż zapewniają jednostce certyfikującej możliwość identyfikacji produktów, a konsumentom – wiarygodność produkcji.
Tym, którzy poznali już tajniki produkcji ekologicznej, można polecić prywatne systemy certyfikacji, takie jak standardy produkcji ekologicznej Naturland lub standardy produkcji biodynamicznej Demeter. Obydwa systemy są świetnie znane w Niemczech, gdzie rynek produktów ekologicznych przekroczył już wartość 10 mld euro i konsumenci cenią produkty jeszcze wyższej jakości.
Owoce ekologiczne są poszukiwane przez przetwórnie, firmy handlowe, można je również samodzielnie sprzedawać klientom, m.in. na bazarach ekologicznych w dużych miastach. Możliwe jest również rozpoczęcie własnego przetwórstwa owoców, np. tłoczenie soków lub suszenie jabłek i produkcja popularnych chipsów jabłkowych oraz ich sprzedaż w ramach rolniczego handlu detalicznego. Do tego celu świetnie nadają się stare odmiany, które mają bardzo dobry stosunek cukrów do kwasów i dzięki temu atrakcyjny smak. Toteż zanim podejmie się decyzję o likwidacji starego sadu, warto przemyśleć, czy nie wykorzystać go jeszcze przez kilka lat, prowadząc produkcję ekologiczną.